اهداف کلی :

 1- تربیت نیروی انسانی در جهت تأمین، حفظ و ارتقاء سلامت جسمی، روحی-روانی، اجتماعی و معنوی جمعیت تحت پوشش دانشکده
 
2- تأمین عدالت در ارائه و توزیع خدمات آموزشی، پژوهشی
 
3- دستیابی به بالاترین رضایتمندی مشتریان
  
4- بستر سازی تلفیق آموزه‌های دینی در آموزش و پژوهش
 
5- دستیابی به یکی از قطب‌های علمی افزایش سهم دانشکده در تولید عالم و محقق در حوزه علوم پزشکی
 
6- حضور در عرصه بین‌المللی ارائه خدمات آموزشی، پژوهشی
 
7- تأثیرگذاری بر مدیریت و سیاست‌گذاری‌های کلان نظام آموزشی کشور

8- تأمین و توسعه منابع جهت بکارگیری موثر در نظام آموزش